Quand Mysql & PhP sont bien configurés vis à vis de l'encodage mais qu'il y a toujours un soucis d'encodage.

Il suffit de re-préciser l'encodage lors de l'établissement de la connexion à la base de données.

$cnx = new PDO("mysql:host=$hotedeconnexion;dbname=$basededonnee", "$utilisateur", "$motdepasse", array(PDO::MYSQL_ATTR_INIT_COMMAND => 'SET NAMES utf8'));